眼科では、ものもらい、結膜炎、近視・遠視、斜視、白内障、緑内障、糖尿病網膜症、加齢黄斑変性、ぶどう膜炎など広く眼科一般の疾患に対する診療を行っています。
火曜日は、大分大学眼科医師が眼科一般診療、緑内障、ぶどう膜炎などの診療を行っています。
土曜日は、大分大学眼科医師、視能訓練士が眼科一般診療に加え、視野検査、眼鏡処方、小児眼科（学校検診、斜視弱視検査）などの眼科専門検査、診療を行っています。

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